吉林市博物馆文物库房系原馆会议室和办公区域改建而成，建筑面积700平方米，按传世、考古、建筑构件、外省调拨分为四个库区。经过多年积累，特别是自2012年省文物考古研究所在吉林市龙潭山、东团山、帽儿山开展为期5至7年的考古发掘工作，目前已有大批出土文物陆续进入库房进行整理并保管。吉林市博物馆文物库房区域狭小、使用面积不足问题凸显，还有许多项目达不到国家标准。如馆藏珍贵文物无专用库房；瓷器、书画、铜器等藏品集中存放在铁皮柜中，考古品排列十分拥挤；部分藏品由于缺乏柜架，只能堆放在地面，文物安全受到威胁。同时，作为吉林地区中心文物库房，还承担着市属永吉、舒兰、蛟河、桦甸、磐石等五县和本市文博单位收藏文物的集中保管职责，目前库房区域不足以满足此项要求，建设一个标准化的文物库房就成为一件迫切而又必要的事情。2014年吉林市博物馆积极争取资金对原文物库房进行改扩建，现已完工。新文物库房建筑面积2000平方米，按照《博物馆藏品保存环境试行规范》的要求，安装智能化控制恒温恒湿度和空气净化空调系统，新购置专用的文物柜架，制作囊匣，使不同级别、材质藏品分类控制更加科学，从根本上改善了文物的保存条件，对于文物的标准化管理以及利用都将起到积极的作用。
